Στην ευρύτερη περιοχή του Δήμου Ανωγείων και κύρια στο ορεινό τμήμα του που αποτελεί μεγάλο τμήμα του Ψηλορείτη διακρίνονται συνολικά 18 τύποι οικοτόπων, σύμφωνα με την Οδηγία 92/43/ΕΟΚ, δύο από τους οποίους (οι ορομεσογειακοί θαμνώνες και οι ασβεστολιθικές πλάκες) θεωρούνται οικότοποι προτεραιότητας.

Σύμφωνα με σχετική μελέτη του Μουσείου Φυσικής Ιστορίας Κρήτης, η ευρύτερη ορεινή περιοχή φιλοξενεί, αξιόλογο πληθυσμό Γυπαετού, 70 είδη σπάνιων ή ενδημικών φυτών, 3 από τα οποία προστατεύονται από διεθνείς συμβάσεις, καθώς και αρκετά σπάνια και προστατευόμενα είδη ζώων, καθώς και 45 είδη πτηνών προτεραιότητας για τα οποία η περιοχή αποτελεί σημαντικό τόπο φωλιάσματος ή σταθμό κατά τη μετανάστευση. Σημαντικότερα ενδιαιτήματα για τη βιοποικιλότητα της περιοχής θεωρούνται οι λιθώνες, γκρεμνά και φαράγγια, καθώς και τα ορομεσογειακά φρύγανα.

Ο Ψηλορείτης (Ίδη) είναι μια από τις τρεις κύριες οροσειρές της Κρήτης, με υψηλότερη κορυφή το Τίμιο Σταυρό (2.453 m). Οι νότιες πλαγιές είναι απότομες και το μεγαλύτερο ποσοστό της περιοχής είναι καρστικοποιημένο και περιλαμβάνει φαράγγια, πόλγες, πολυάριθμες δολίνες και πολλές εκατοντάδες σπήλαια και βάραθρα περιλαμβανομένων και του βαθύτερου της Ελλάδας (- 475 m).